Midnight Swan kể về Nagisa là một người chuyển giới. Cô ấy từng lớn lên ở Hiroshima như 1 người đàn ông, nhưng hiện tại cô sống ở Shinjuku, Tokyo trong hình dạng phụ nữ. Một chuyện bất ngờ xảy ra đưa đẩy cô sống với một đứa trẻ cấp 2 tên Ichika, họ hàng xa của mình. Ichika bị chính mẹ của mình là Saori bỏ rơi. Nagisa sống cô độc một mình cho đến khi gặp Ichika,và bản năng làm mẹ của cô trỗi dậy lần đầu tiên trong đời.